Desde 1988, o Projeto Baleia Jubarte estuda e protege essas baleias no Brasil. Com pesquisas e políticas de conservação, garante a recuperação da espécie. Todo inverno e
primavera, as baleias migram para o Banco dos Abrolhos para acasalar e parir. O projeto também promove o turismo sustentável e conscientização no RJ.

A espécie mais abundante no litoral do Brasil é o cavalo-marinho-do-focinho-longo (Hippocampus reidi). Eles vivem em manguezais, baías, recifes de corais, costões rochosos e gramas marinhas. Apesar dos impactos na Baía de Guanabara, se mantêm estáveis.
Agora, o DNA ambiental será usado para monitorá-los e confirmar sua distribuição nos manguezais

A tartaruga-verde é a mais comum na Baía de Guanabara, mas seu habitat é pouco conhecido. As principais ameaças são a captura incidental, atropelamento por embarcações e poluição. Em parceria com o Projeto Aruanã, um estudo monitora a saúde das tartarugas com exames veterinários, análises de dieta e presença de bactérias. Os dados ajudarão a avaliar a qualidade ambiental e alertar gestores para evitar a perda da espécie e sua função ecológica.

Os recifes enfrentam ameaças como sobrepesca, poluição e aquecimento, causando branqueamento. Em 2019, mais de 60% dos corais no Brasil estavam branqueados. O aumento da temperatura rompe a simbiose entre corais e microalgas. Em parceria com o AquaRio, o estudo usa sêmen congelado para fertilização in vitro de corais resistentes, com coletas em Pernambuco para criar linhagens preparadas para futuros eventos de branqueamento.

O trabalho, em parceria com a UFRJ, visa descrever a morfologia do embrião da raia-elétrica Narcine brasiliensis, identificando as etapas do desenvolvimento ao longo da gestação, buscando dimorfismo sexual entre machos e fêmeas, comparando os diferentes estágios de crescimento (embrião, neonato e adulto), ampliando o conhecimento sobre o ciclo de vida das raias brasileiras e contribuindo com informações para sua conservação.

O estudo é pioneiro no desenvolvimento do protocolo de cultivo de espécies nativas e invasoras do gênero Megabalanus, comum em navios e plataformas de petróleo, e tem o propósito de testar agentes anti-incrustantes em larvas e a sobrevivência de adultos submetidos a diferentes temperaturas da água.   

Diante das ameaças aos recifes de coral e de sua importância para diversos animais que vivem nesse ecossistema, o cultivo de corais proporcionará a criação de novas técnicas para o crescimento desses corais in situ através de um consórcio microbiano conhecido como BMC (Bacterial Microorganisms for Corals).

Em uma parceria entre o Centro de Pesquisa Científica do AquaRio e o Laboratório de Ecologia Microbiana Molecular (LEMM) do Instituto de Microbiologia da UFRJ e o Programa de Biotecnologia Vegetal e Bioprocessos (PBV) da UFRJ, teve início em outubro de 2016 um estudo inovador que visa a proteger e recuperar recifes de corais do mundo inteiro ameaçados pelo branqueamento e outras doenças. A abordagem inovadora dessa pesquisa em andamento, que tem se mostrado extremamente sustentável e viável e que visa a proteger e recuperar recifes de corais do mundo inteiro ameaçados pelo branqueamento e outras doenças, estabelece a manipulação benéfica dos microbiomas naturais marinhos, que já estão lá e são nativos desses ecossistemas, para proteger esses ambientes coralinos.

Pesquisa inédita com raias e tubarões com o intuito de identificar se há nos elasmobrânquios a transferência da microbiota materna, ou seja, as bactérias que habitam o ser vivo, para os filhotes, assim como ocorre nos mamíferos, ou se a microbiota é adquirida após o nascimento.